Vil skabe mere tid til forskning og mindre til at sende emails frem og tilbage
[ENGLISH VERSION]
-Du kender Amazon, ikke ? Det, vi arbejder på, er, at det skal være lige så let at bestille data, som det er at bestille en bog.
Luke Johnston er en stor pædagog, når han skal fortælle om sit arbejde – et arbejde, der i dag har indbragt ham Danish Diabetes Academys nye pris ”DDA Research Education and Networking Award 2022”.
Han har ikke gået den lige vej til dette forskningsfelt, faktisk tværtimod. Han er canadier, 35 år, og han kom til Danmark for dels at arbejde hos professor Daniel Witte, dels anvende de verdensberømte danske registre.
Han ville finde ud af, hvorfor mistrivsel sætter sig til sygdom, og søgte bl.a. svar på, hvad det betyder for risikoen for diabetes type 2, at ens forældre bliver skilt, får svære økonomiske problemer eller immigrerer. Og han ville bruge et kæmpestort materiale: Databaser med informationer om alle danskeres økonomi, sundhed, skilsmisser, foældrenes uddannelse, børnenes hospitalsindlæggelser, nylig immigration og forældrenes sundhedsstatus.
Det var blot langt sværere at få data frem end forudset – og det fik ham til at ændre fokus, så han i dag er langt fremme med et software-redskab, der kan automatisere typiske dataopgaver. – Det skal komme alle verdens forskere til gode. De skal få mulighed for at bruge mere tid på at forske og mindre tid på at sende emails frem og tilbage for at skabe klarhed over, hvad er og ikke er tilgængeligt i data,som han siger.
Bygger softwareredskab Seedcase
Og det er her, Amazon kan bruges til at forklare udenforstående, hvad han arbejder med.
-I mange forskningsfelter kan arbejdet med og struktureringen af data i åbne, anvendelige, transparente og tilgængelige måder være en betydelig barriere for fuldt ud at bruge data, indsamlet fra et studie. Det gælder særligt for større studier, som set på mange sundhedsområder. Vi arbejder derfor med at bygge et softwareredskab, som vi kalder Seedcase, der skal gøre det lettere at styre og arbejde med data, så forskning kan udføres bedre og hurtigere, siger han.
Med Seedcase kan det at søge, undersøge, finde og bestille tilgængelige data blive lige så let som det er at købe ind hos Amazon eller en anden webbutik…Det, man skal, er at indtaste de datavariabler, man ønsker, i en "indkøbskurv" og sende en anmodning om disse variable til dem, der ejer data. De kan så på deres side hurtigt og let acceptere anmodningen uden nogen stor manuel indsats.
Se en kort beskrivelse af projektet
Har forandret data science/R-læringsmetoder
Luke Johnston er nomineret til DDA Research Education and Networking Award 2022 af Helene Bæk Juel, Novo Nordisk Foundation Center for basic Metabolic Research, Københavns Universitet, og Daniel R. Witte, Department of Public Health, Aarhus Universitet, Aarhus Universitets Hospital, Steno Diabetes Center Aarhus.
I nomineringen slår de på, at han har været meget vigtig i arbejdet med at organisere adskillige træningskurser i Danish Diabetes Academy i programmeringssproget R, som i høj grad bruges i datavidenskab, statistik og systembiologi i biomedicinsk videnskab.
- Lukes indsats har øget DDA-postdocs og PhD-studerendes viden og kompetencer. Det er et meget stort fremskridt, siger de.
De understreger, at han har forandret datavidenskab/R-læringsmetoder og skabt et paradigmeskift i, hvordan undervisningen i det, der essentielt er et programmeringssprog, kan udføres ved at bruge nye læringsprincipper. - Dertil kommer, at Lukes undervisning har fokus på reproducerbarhed og transparens, begge dele stadig vigtigere i alle typer videnskab, siger de.
Priskomiteen 2022 tilføjer, at “den betydelige tid og de kræfter, Luke har lagt I R-kurserne, viser en altruisme og et arbejde til gavn for hele forskningsfællesskabet, som sjældent bliver anerkendt, men som ikke desto mindre er ekstremt vigtigt for hele forskningsmiljøet. ”
Workshop i avanceret skabelse af kollaborative og automatiserede analysepipelines
I disse dage forbereder han en workshop for DDA, som skal holdes 7. december i København: Reproducible Research in R: An advanced workshop on creating collaborative and automated analysis pipelines
“Den betydelige tid og de kræfter, Luke har lagt I R-kurserne, viser en altruisme og et arbejde, der er til gavn for hele forskningsmiljøet, noget som sjældent bliver anerkendt, men som ikke desto mindre er ekstremt vigtigt for hele forskningsmiljøet.” Priskomiteen 2022 | |
”Et særligt aspekt af den uddannelsestilgang, som Luke repræsenterer, er dannelsen af et netværk af R-kyndige, unge forskere fra diabetes-, metabolisme- og endokrinologifeltet, og Luke har med succes tilknyttet tidligere trainees som kursusinstruktører. Derved fremmer og forstærker han netværket af R-kompetente videnskabsfolk.” Priskomiteen 2022 | |
Direktør for Danish Diabetes Academy Tore Christiansen om Luke Johnston: |
DDA Research Education and Networking Award
Denne nyindstiftede pris gives til en dansk eller international forsker, som har bidraget til at forbedre DDA’s aktiviteter inden for uddannelse, talentudvikling, networking og/eller samarbejde. Prisen er på 25.000 kr.
FAKTA OM LUKE JOHNSTON Luke Johnston, 35 år, er MSc, PhD, klinisk forsker og teamleder. Han er fra Canada og flyttede til Aarhus i 2018 for at forske i diabetesepidemiologi. Sideløbende med denne forskning leder han adskillige undervisningsaktiviteter, både for DDA og i andre sammenhænge. Luke fremmer et imødekommende og støttende læringsmiljø ved at styrke et adfærdskodeks på sine kurser (se https://r-cubed-intermediate.rostools.org/conduct.html). Gennem alle sine kurser minder Luke deltagerne om at engagere sig respektfuldt med andre i overensstemmelse med dette kodeks. Han sætter handling bag ordene ved at fremme positive interaktioner, tage imod forskellige synspunkter og søge konstruktiv kritik fra kursister. |
Kontakt
Luke Johnston
MSc, PhD, klinisk forsker og teamleder
Steno Diabetes Center Aarhus
lwjohnst@ph.au.dk
+45 29 66 46 75
Danish Diabetes Academy
Tore S. Christiansen
Direktør
tore.christiansen@rsyd.dk
+ 45 29 64 67 64